1994年以来，我国陆续对国内生产流通和进口的部分化肥品种，实行免征或者先征后返增值税，在保障化肥供应、支持农业生产等方面发挥了积极作用。但随着国内外供应形势的变化，这些政策的弊端日益显现：一方面氮肥和磷肥产能过剩日趋严重，钾肥市场也出现供过于求的市场局面，出口市场持续疲弱、企业开工率较低、多数企业处于亏损的困境。国内化肥产能过剩压力巨大，亟须缓解。另一方面，我国农民长期过度施用化肥，导致土壤质量和生态环境遭到破坏。为此，国家提出化肥用量在2020年实现零增长的目标。

　　化肥复征增值税，对化肥生产企业来说，无疑是一次巨变。于美华指出，在氮、磷、钾、复合肥中，由于氮肥和磷肥企业的纳税人可以将原来计入成本的煤、电、硫磺、氨、磷矿石等原料购进时支付的增值税额从成本中剥离出来，用作进项税抵扣。已经实施“营改增”的运输费用、仓储费用，动产设备购进价款中所含的进项税，以及即将启动的房地产“营改增”之后再建立的厂房，都可以进项抵扣。因此，对氮肥和磷肥行业影响较小，平均每吨成本约提高40~50元。
　　而对资源型钾肥来说，增值税的影响较大，预计每吨出厂成本上涨150~200元。由于我国钾肥进口依赖度较高，中化化肥有限公司钾肥部副总经理郭强表示，增值税征收后，对进口钾肥的影响大于国产钾肥。

　　此，8月28日，财政部、国家税务总局联合发布了《国家关于对化肥征收增值税的补充通知》(以下称《补充通知》)，规定自2015年9月1日起至2016年6月30日，对增值税一般纳税人销售的库存化肥，允许选择按照简易计税方法依照3%征收率征收增值税。
　　中国无机盐协会钾盐(肥)行业分会常务副秘书长亓昭英表示，此次《补充通知》体现了国家对化肥行业的支持，给予了化肥行业半年多的缓冲时间，对于化肥行业的长期稳定发展有重大促进作用。